- الكليات والمعاهد
- الجمعيات العلمية
- العمادات المساندة
- عمادة شؤون المكتبات
- عمادة شؤون الطلاب
- عمادة شؤون القبول والتسجيل
- عمادة البحث العلمي
- عمادة شؤون المعاهد في الخارج
- عمادة المركز الجامعي لخدمة المجتمع والتعليم المستمر
- عمادة معهد الأمير نايف للبحوث والخدمات الاستشارية
- عمادة الدراسات العليا
- عمادة التعليم عن بعد
- عمادة التقويم والجودة
- عمادة تقنية المعلومات
- عمادة شؤون أعضاء هيئة التدريس
- عمادة البرامج التحضيرية
- مركز الملك عبدالله بن عبدالعزيز للدراسات الإسلامية المعاصرة وحوار الحضارات
- مركز اللغويات التطبيقية
- مركز التمييز البحثي في فقه القضايا المعاصرة
- مركز الخدمات الطبية
- الأقسام العامة
- الأقسام الإدارية